Mesmo que você desinstale um programa, as configurações são mantidas sob seu $ HOME / no caso de você querer usá-las novamente. No caso do cairo-dock, existem armazenados em:
/home/<yourusername>/.config/cairo-dock
Então, se você quiser redefinir para os padrões, tudo o que você precisa fazer é abrir um terminal e executar:
rm -rvf ~/.config/cairo-dock
Isso excluirá todas as configurações (sem solicitar sua confirmação!) e, quando você executar novamente o cairo-dock, ele será carregado com os padrões.