Eu encontrei as respostas!
A configuração está em: org.gnome.gnome-panel.layout
.
Os objetos estão em: org.gnome.gnome-panel.layout.objects
.
Quando arrastado para o painel do gnome, a área de trabalho arrastada original é especificada na configuração.
Execute: killall gnome-panel
para propagar alterações para os arquivos .desktop
.