Onde os arquivos de aplicativos são armazenados no seu disco rígido, estão sujeitos a regras bastante rígidas. Os arquivos do instalador do Debian, incluindo o software que você instala via ppa, o Software Center ou o Synaptic, não permitem que você escolha onde instalar. Existem boas razões para isso. Para mencionar alguns:
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Segurança : os aplicativos devem estar acessíveis (em geral) para todos os usuários. A conseqüência inversa é que os aplicativos não devem ser instalados em locais onde usuários não autorizados podem editar o código, por exemplo. A estrutura de diretórios do Linux (e, portanto, do Ubuntu) cuida muito bem das permissões, de modo que há um conjunto estrito de "camadas" do nível de usuário para o kernel. Essa estrutura é uma das razões pelas quais o Linux é um dos sistemas operacionais mais seguros. O NTFS não suporta permissões de configuração como o Linux, portanto, não se encaixaria nesse conceito.
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Coerência do seu sistema : Para executar um aplicativo, é necessário mais do que apenas o arquivo binário de um aplicativo. Muitos aplicativos compartilham bibliotecas e outras fontes. Novos aplicativos devem ser capazes de encontrar bibliotecas já instaladas. Para tornar possível iniciar um aplicativo a partir da GUI, o Dash está lendo o conteúdo dos arquivos da área de trabalho em
/usr/share/applications (globalmente) ou ~/.local/share/applications .
É por isso que esses arquivos são armazenados em locais fixos.
No entanto, você pode escolher seu próprio local se criar o aplicativo a partir do código-fonte. Em alguns casos, você pode usar um script de instalação para instalar aplicativos localmente. Se você fizer um desses, como regra geral, sugiro não tocar na ordem de como as coisas estão organizadas fora do diretório ~/ , a menos que você realmente saiba o que está fazendo.