Em versões recentes do Ubuntu, há uma opção do dconf ( se você estiver usando o GNOME ou Unity ):
org.gnome.desktop.input-sources xkb-options
que você pode definir através do dconf-editor ou gsettings. Por exemplo,
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources xkb-options "['ctrl:nocaps']"
Esta opção é permanente nas reinicializações.