O gerente de atualização tem uma certa diferença em relação a isso (acho que é devido à forma como ele lida com a desativação e a classificação das novas fontes de virtualbox ...)
Eu consertei isso abrindo um terminal e reinstalando o dkms, ou seja, no tipo de prompt:
sudo apt-get install virtualbox-dkms
et voila, problema resolvido. Espero que isso ajude