Embora essa seja uma pergunta antiga, o mesmo aconteceu comigo recentemente.
A solução que encontrei:
Na linha de comando: $ exo-preferred-applications -c
Na caixa de diálogo Aplicativos preferenciais, que é aberta: Guia Utilitários - > Gerenciador de arquivos Mudança: /usr/share/applications/kde4/dolphin.desktop"%s " para somente: golfinho "% s"
Uma solução alternativa pode ser remover completamente o pacote exo-utils
(Nota: Estou executando o KDE, mas a seção Aplicativos Padrão nas Configurações do Sistema do KDE não teve nenhum efeito (já estava definida no Dolphin). O aplicativo exo-preferido-aplicativos parece ser do ambiente desktop xfce.)