Você deve alterar o nome do pacote. Não só porque não há um bom caminho do seu fim para impedir uma atualização, mas mais importante porque os usuários podem querer ter ambas as versões instaladas durante um período de transição. Por exemplo. instale a nova versão, execute-a em dados de teste por algum tempo e faça a difícil migração de dados quando estabilizar a nova configuração.
Exemplo histórico: Apache (não me lembro se o Ubuntu tinha Apache 1 e Apache 2 separados em algum momento, mas o Debian definitivamente fez).