O que você está se referindo como um tema é provavelmente um tipo diferente de tema (à luz do seu comentário sobre a resposta de Uri).
Esses temas controlam GTK, Metacity, ícones, cursores e, às vezes, papéis de parede, tudo em um. No entanto, eles não controlam seu tema de esmeralda. O que você está vendo chamado de GTK, Metacity, Cursor ou Icon é o que você obtém quando clica em customizar.
Cada um deles controla um aspecto diferente da sua interface e, claro, todos eles são temas por si mesmos.