X é atualmente gerenciado por gdm (Gnome Display Manager). A maneira "correta" de iniciar, parar e reiniciar o servidor gráfico é:
sudo stop gdm
sudo start gdm
sudo restart gdm
Comandos como startx não são recomendados, já que não estão definindo variáveis de ambiente importantes nem precisam puxar na configuração correta. Usar startx em vez de gdm também dificulta o fechamento;)