Você pode criar um ícone de traço personalizado:
Como criar ícones personalizados?
No seu caso, você deve usar:
[Desktop Entry]
Type=Application
Version=1.0
Name=Geary
GenericName=Generic name you want
Comment=Your comments about this file
Exec=geary
Icon=geary
Terminal=false
Categories=Email;Geary;
MimeType=text/plain;text/x-chdr;text/x-csrc;text/x-c++hdr;text/x-c++src;text/x-java;text/x-dsrc;text/x-pascal;text/x-perl;text/x-python;application/x-php;application/x-httpd-php3;application/x-httpd-php4;application/x-httpd-php5;application/xml;text/html;text/css;text/x-sql;text/x-diff;
StartupNotify=true
Se você quiser iniciá-lo a partir do terminal, basta digitar:
geary &