Aqui está meu roteiro rápido e sujo discutido nos comentários para o post original, seguindo as idéias do @Videonauth (como eu as entendi). A lista dos pacotes restantes é gravada no arquivo top_packages.
(Leva algum tempo para ser executado).
#!/bin/bash
echo > dependencies
echo > top_packages
dpkg -l | egrep '^.. ' | cut -f3 -d' ' | cut -f1 -d':' > packages
for i in 'cat packages'
do
echo collecting dependencies of package $i
apt show $i 2> /dev/null | grep Depends >> dependencies
done
for i in 'apt-mark showmanual'
do
grep -q $i dependencies || echo $i | tee -a top_packages
done