Instale o gerenciador de configurações do Compiz se você não o tiver já. No terminal:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Agora encontre e abra o gerenciador de configurações. Encontre o plug-in Mover Janela. (Você não quer desabilitar o plug-in; se você fizer isso, não será possível mover janelas.)
Basta alterar a primeira configuração, Iniciar o movimento da janela. Pode ser mudado de Alt + Botão 1 para Super + Botão 1 , mas você afirmou que não é o que você quer, basta clicar em Alt + Button 1 e desmarcar Enabled .