Diferentes aplicações podem fazer uso de diferentes "sistemas de som". Para alguns aplicativos, você pode escolher o backend de som em tempo de execução (por exemplo, por meio de uma configuração de preferência); para outros, isso tem que ser uma escolha em tempo de compilação (portanto, cabe ao mantenedor do pacote selecionar um).
As aplicações que vêm no repositório principal do Ubuntu foram compiladas com o suporte PulseAudio , para que você possa controlar as entradas de som e saídas via Sistema - > Preferências - > Som ou padevchooser .
Ainda assim, alguns aplicativos não suportam o PulseAudio e oferecem apenas uma opção do ALSA / OSS: versões mais antigas do Skype e do Adobe Flash são o principal exemplo, mas também o player de música gratuito Aqualung .Assim, no final, a resposta é: é específico do aplicativo e talvez você precise pesquisar as preferências do aplicativo ou atualizar / recompilar para que funcionem da maneira desejada.