Aplicativos gráficos não devem ser executados com sudo
devido ao risco de mexer com as permissões no espaço do usuário.
gksu
costumava ser o caminho a percorrer, mas agora a maneira preferida é sudo -H
. De acordo com man sudo
,
-H, --set-home
Request that the security policy set the HOME environment
variable to the home directory specified by the target user's
password database entry. Depending on the policy, this may
be the default behavior.
O comando que você está procurando é sudo -H nautilus