Com tantos desktops, por que você não entra em contato com a Canonical? Eles são especialistas. É o que eles fazem. Você não está dizendo por que está procurando uma alternativa ao Landscape. Você não está falando muito.
Se você quiser apenas gerenciar usuários, armazenamento, etc., uma configuração LDAP + NFS pode ser apropriada e você tem muitos softwares para gerenciar esses serviços. Se você quiser atualizar muitos computadores ao mesmo tempo, então é possível fazer isso usando ssh e alguns scripts. Mas até você fornecer mais informações sobre suas necessidades e porque o Landscape não é adequado, é impossível fornecer uma resposta detalhada.