Não, não deve haver nenhum problema. Se houver, eles são erros inesperados. Na verdade, você pode instalar os dois de uma só vez:
sudo apt-get install php5 php5-cli
Em geral, os mantenedores do Debian (e downstream, mantenedores do Ubuntu) trabalham duro para garantir que os pacotes funcionem bem uns com os outros. Caso contrário, eles serão marcados como conflitantes, e apt-get
não permitirá a instalação de ambos.