Eu tive a mesma experiência na noite passada e fiquei me perguntando o que estava acontecendo. No entanto, o que fiz foi pressionar simultaneamente CTRL + ALT + T para abrir o Terminal e digitar ccsm e o 'CompizConfig Setting Manager' apareceu. Eu cliquei para abrir OPENGL mudou-se para Geral e desmarcou 'Synch to VBlank' e Texture to Good de better.Ticked 'Ubuntu Unity Plugins' e fechou-o. Eu reiniciei meu sistema e todos os ícones voltaram normalmente, eu não sabia de nada relacionado a como isso resolveu o problema, mas aconteceu. Eu teria feito uma restauração do sistema a partir do terminal, mas não tinha backup. Espero que você possa encontrar algo útil com isso. Obrigado.
NB: Depois de recuperar meu Dektop normal, desinstalo o Gerenciador de Configuração do CompizConfig para que eu não repita acidentalmente o mesmo processo. Eu acho que existe algo com o CCSM responsável por esse problema.