Estou tendo este problema também desde que eu mudei para o GNOME Shell no Ubuntu 12.04 e tentei a solução do Gevorg, mas não funcionou.
Olhando mais de perto o arquivo, posso ver o porquê: ele desativa as notificações de um monte de coisas, mas não de mensagens recebidas.
Siga as instruções, mas adicione a seguinte linha entre as tags gconf:
<entry name="notifications_message_received" mtime="1334850046" type="bool" value="false">
Além disso, não use o sudo para copiá-lo lá ou você vai estragar suas permissões. É melhor salvar o arquivo, criar os diretórios enquanto você faz isso (clique com o botão direito na caixa de diálogo salvar arquivo para mostrar arquivos ocultos, vá para .gconf, entre em aplicativos, entre em empatia, clique com o botão direito para criar um novo diretório, chamá-lo de notificações, vá lá e salve-o).
Depois de fazer isso, você receberá apenas uma notificação em cada mensagem recebida, e essa será a única que permitirá que você responda dentro dela. Ou seja o tipo certo para o GNOME Shell.
Alguém registrou um relatório de bug sobre isso? Esse comportamento é muito chato.