Você pode usar debsums para fazer isso. Na página do manual:
O debsums é destinado principalmente a determinar o que instalado arquivos foram modificados localmente pelo administrador ...
Você precisará instalar o debsums por conta própria, pois ele não é instalado por padrão.
Descobri que quando eu testei isso, ele reclamou que a maioria dos pacotes não tinha somas de verificação md5, então eu corri
sudo checksums_init
Isso procura pacotes que não instalaram seus md5sums arquivos. Então, ele irá gerar os arquivos md5sums dos pacotes binários baixados via APT, se disponíveis.
Quando isso foi concluído, eu corri:
sudo debsums -ce > ~/changed-configs.txt
e isso produz um arquivo chamado changed-configs.txt que lista as alterações de configuração feitas localmente em comparação com os arquivos fornecidos pelos repositórios.
Acho que isso deve fornecer o que você precisa.