É possível que você tenha executado um comando chmod
recursivo no nível raiz recentemente? Acidentalmente ou não? Redefinir chmod para um valor padrão como 0755 removerá todos os bits setuid.
Existem dezenas de arquivos em seu sistema de arquivos que requerem permissões especiais para funcionar corretamente e para os quais uma permissão simples como 0755 ou mesmo 0777 não funcionará.
Não há uma maneira confiável de desfazer isso sem reinstalar, pois essa é uma operação com perdas: não é possível reverter cada arquivo para as permissões anteriores.