As regras nas tabelas de IP são aplicadas de cima para baixo.
Sempre que uma regra se aplica a um pacote, ela é tratada como a regra define e (se não configurada diferente) faz com que a cadeia de regras seja deixada.
Isso significa que, se sua regra de LOG for colocada abaixo de outras regras, ela será aplicada somente a pacotes que NÃO foram manipulados pelas regras anteriores.
Se em vez disso você quiser LOG cada pacote, coloque a regra LOG no topo da cadeia de regras acchording.
A propósito:
O arquivo de log padrão para o iptables está em /var/log/kern.log