Comentário convertido em uma resposta
Depois de instalar a extensão de tema do usuário, você deve reiniciar o gnome-shell. Só então a extensão apareceria na ferramenta de ajuste do GNOME.
Para isso, pressione Alt + F2 e digite r na caixa de diálogo. Agora o gnome-shell será reiniciado e a extensão aparecerá na ferramenta tweak.