O Skype pode estar em execução. É um problema que ainda não resolvi e estou usando o Skype (Beta) Versão 2.1.0.81, ainda estou aguardando o lançamento da nova versão que parece corrigir este e outros bugs.
Enquanto isso, o que você pode fazer ao enfrentar isso é matar todos os processos em execução chamados "skype".
Faça isso soltando: killall skype
em um terminal ou abrindo o monitor do sistema (Sistema / Administração / Monitor do Sistema) e localize o processo atualmente em execução no skype, clique com o botão direito nele e o mata. Terminar o processo usando o "Processo Final" não resultará no que você deseja.
NOTA: Se killall skype
em um terminal não matar o processo, você terá a necessidade de fazer o truque do Monitor do Sistema.
Depois disso, tente novamente executando uma nova instância do skype e faça o login.
Boa sorte!