Você não precisa usar o pip3 para instalar o Django no Ubuntu 16.04 e versões posteriores, porque o Django está nos repositórios padrão. Abra o terminal e digite:
sudo apt update
sudo apt install python3-django
Se você quiser instalar o Django usando o pip3, você deve atualizar o pip3 para a versão mais recente para que o pip3 possa instalar o Django e suas dependências. Execute estes comandos:
sudo -H pip3 install --upgrade pip
sudo pip3 install django
Você pode verificar se a instalação foi bem-sucedida digitando:
django-admin --version