Eu tive um problema semelhante ao usar o instalador. Eu tive que escolher a opção avançada para especificar exatamente como eu queria instalar, (especificamente, para escolher o disco rígido interno). Caso contrário, o padrão era meu HDD externo também ... e eu não tinha opção de selecionar meu disco rígido interno.
Isso provavelmente não é um bug no seu computador, mas no novo instalador. Se você precisar de orientação sobre como usar a opção avançada, posso ajudar.