Os pacotes criados pelo checkinstall geralmente não atendem aos padrões de pacotes. Isso pode causar problemas se você distribuir um pacote para outras pessoas. Mas não há nada de errado se você usá-los em vários de seus próprios sistemas, se eles funcionarem para você.
Por exemplo, os pacotes criados pelo checkinstall geralmente não contêm informações de dependência, portanto eles podem não funcionar até que você instale manualmente alguns pacotes adicionais.
Alguns arquivos podem ser colocados em um local errado, ter um nome errado ou arquivos de referência com um local errado ou um nome incorreto. Eles podem, por exemplo, não trabalhar com eles de maneira que o Debian e o Ubuntu lidem com a configuração do Apache ou com a inicialização do sistema sem algum trabalho adicional.