Eu estava tendo o mesmo problema e consegui corrigi-lo indo em Configurações → Avançado e desativando a aceleração de hardware.
Estou executando o Chrome no Ubuntu 16.04
WhatsApp web parece ter parado de funcionar na área de trabalho.
O código QR pisca na tela pelo que parece ser 1 quadro antes de desaparecer, deixando apenas o logotipo do whatsapp.
Na pesquisa, encontrei respostas sugerindo configurações de proxy de meias. Quando vou a configurações- > rede- > Proxy de rede , o método é definido como Nenhum .
Eu também cansei de excluir todas as sessões do PC no meu dispositivo Android.
Eu também tentei matar todos os processos do Chrome.
Eu não tentei reiniciar ainda.
Eu estava tendo o mesmo problema e consegui corrigi-lo indo em Configurações → Avançado e desativando a aceleração de hardware.