O problema
Como já mencionei nos comentários, o problema é tempo . (comandos para-) A configuração de desktops é tipicamente algo que irá quebrar se a área de trabalho não estiver pronta para isso, e seu comando simplesmente perderá o alvo. Isso geralmente acontece ao executar comandos na configuração de monitores, teclados e mouse, por exemplo.
Para resolver
Para resolver o problema, você precisa adicionar uma pequena pausa antes que o comando seja executado. Eu não uso Lubuntu , mas de acordo com esta postagem , você deve ser capaz de adicionar um comando para iniciar (login na verdade) aqui: Menu Iniciar → Preferências → Aplicativos padrão para LXSession → AutoStart. O comando para adicionar uma pequena pausa é então:
/bin/bash -c "sleep 5 && xprop -root -f _NET_DESKTOP_LAYOUT 32cccc -set _NET_DESKTOP_LAYOUT 0,3,2,0"
Como alternativa, (testado por você :)), você pode adicioná-lo a ~/.profile
e adicionar um &
para garantir que ele seja executado em segundo plano e não segure o processo de login.