Eu tive o mesmo problema e resolvi por
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Eliminando o Virtualbox:
sudo apt-get purge virtualbox virtualbox-dkms virtualbox-ose-qt virtualbox-qt
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Eu então reinstalei;
sudo apt-get install virtualbox virtualbox-dkms virtualbox-ose virtualbox
e notou:
dependency problems prevent configuration of virtualbox-ose: virtualbox-ose depends on virtualbox; however: Package virtualbox is not configured yet. Package virtualbox-4.0 which provides virtualbox is not installed.
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então eu tentei instalar o virtualbox-4.0;
sudo apt-get install virtualbox-4.0
Isso funcionou e puxou os módulos corretos do kernel do VirtualBox DKMS.
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Eu então tive que baixar e instalar a versão correta do pacote de extensão
Oracle_VM_VirtualBox_Extension_Pack-4.0.16-75491.vbox-extpack
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Isso funcionou, e agora tenho uma instância do Virtualbox em pleno funcionamento.