Você pode baixar o melhor vídeo e áudio usando:
youtube-dl -f bestvideo+bestaudio "link to youtube video"
Se isso lhe der um erro, tente o seguinte:
youtube-dl -f 'bestvideo[ext=mp4]+bestaudio[ext=m4a]/bestvideo+bestaudio' --merge-output-format mp4 "link to youtube video"
Aqui você faz o download do melhor vídeo e áudio separadamente e, em seguida, mescla em um arquivo mp4. Você também pode alterar o formato de saída no vídeo mesclado.
Boa sorte!