Para remover todos os caracteres de espaço em branco horizontal (ou seja, espaços e guias horizontais)
tr -d '[:blank:]' < file > newfile
Para remover todos caracteres de espaço em branco (incluindo novas linhas e tabulações verticais)
tr -d '[:space:]' < file > newfile
Observe que isso deixará o arquivo sem a quebra de linha de terminação obrigatória do POSIX: veja por exemplo Por que os arquivos de texto devem terminar com uma nova linha?