O problema parece ser que pdftk burst padroniza a nomeação de seus arquivos de saída como pg_0001.pdf , pg_0002.pdf e assim por diante, independentemente do nome do arquivo de entrada.
Exatamente por quê que causa erros não está claro - possivelmente ele começa a processar o próximo arquivo antes dos arquivos de saída anteriores terem sido fechados. Em qualquer caso, a substituição de arquivos obviamente não é desejável neste caso - portanto, a solução é alterar a saída em uma base por arquivo.
De acordo com a página de manual pdftk :
To name these pages yourself, supply a
printf-styled format string via the output section. For
example, if you want pages named: page_01.pdf, page_02.pdf,
etc., pass output page_%02d.pdf to pdftk.
então, por exemplo, você poderia fazer
for file in *.pdf; do pdftk "$file" burst output "${file%.pdf}-%02d.pdf"; done
que para entradas fileA.pdf , fileB.pdf resultará em arquivos de saída fileA-01.pdf , fileA-02.pdf , ... fileB-nm.pdf (removendo e adicionando novamente a extensão .pdf após o sufixo numérico).
Se você realmente quiser ad.pdf - > ad.pdf_01 que seria "${file}_%02d" .