Como as notas não são armazenadas no próprio arquivo (como a resposta de ParanoiaPuppy), a única maneira de tornar as notas "públicas" no sentido de que elas podem ser compartilhadas é incorporar suas notas no próprio jpg, usando Exif (na verdade, como palavras-chave IPTC). Isso só funcionará para arquivos jpg (que eu saiba), portanto, seus PDFs precisariam ser atualizados de alguma outra forma, talvez anotações no próprio PDF.
Para atualizar as propriedades Exif em um jpg, posso recomendar o uso do jBrout, sobre o qual escrevo, e o Exif geralmente aqui: link
Na verdade, isso pode não ajudar, pois você pode precisar usar mais do que palavras-chave do IPTC para as notas que está adicionando. O jBrout suporta um campo "Comment" que parece estar escrito no arquivo de alguma forma, mas infelizmente não é visível pelo Nautilus.
Para demonstrar, aqui está um arquivo com duas palavras-chave do IPTC e um comentário adicionado via jBrout, em seguida, visto no Nautilus - há apenas as palavras-chave visíveis ... sem comentários. Não está na aba "notas", receio.
Espero que isso ajude.