O atualizador de software do Ubuntu é o não Software GNOME! O GNOME Software não escuta as configurações do atualizador de software do Ubuntu. Eu sei disso porque tenho o atualizador do Ubuntu definido para ser executado a cada duas semanas, mas continuo recebendo atualizações diariamente.
Eu encontrei isso nos fóruns do Ubuntu, há uma edição no post original com a solução para ambos problemas. Use o dconf-editor (pode ser necessário instalar), vá para org.gnome.software e desmarque "download-updates". O GNOME Software não deve mais procurar por atualizações, e o Atualizador do Ubuntu deve continuar atualizando normalmente. Não tenho certeza, mas estou disposto a apostar que você precisará fazer logout e fazer login novamente para que a alteração entre em vigor.