Acho que sua configuração é assim:
- Seu navegador é Chromium, Chrome ou similar
- Você deseja fazer login em um site no qual seu navegador armazenou a senha
- Você tem login automático para a sua conta de usuário do Ubuntu habilitada para que você não precise de senha para efetuar login.
A funcionalidade de login automático permite que você desbloqueie sua conta e inicie a sessão do usuário, mas ela não desbloqueia seu chaveiro padrão.
Veja O que faz um Chaveiro? para aprender mais sobre esses chaveiros. Basicamente, é como um armazenamento criptografado protegido por senha para todos os tipos de credenciais, usado pelo sistema e também usado por navegadores do tipo Chrome para armazenar senhas da Web.
E aí está o seu problema, como você não inseriu sua senha para fazer login na sua conta de usuário do Ubuntu, o chaveiro padrão ainda está criptografado e seu navegador não pode ler seus logins armazenados para o site que você deseja visitar. Por isso, mostra um diálogo pedindo a senha correta para desbloquear o chaveiro - sua senha de login.