Encontrei uma resposta em outro lugar. Apenas substitua a parte superior do xorg.conf por isso. Basicamente, colocar a outra tela separada remove a capacidade do mouse de atravessar as bordas:
Section "ServerLayout"
Identifier "aticonfig Layout"
Screen 0 "aticonfig-Screen[0]-0" 0 0
Screen "aticonfig-Screen[1]-0" 2000 0
EndSection