Esses pacotes são atualizados na nova versão.
Biber nova versão: 2.3.1 (antigo 1.6.x)
Python nova versão: 3.5 (antigo 3.4 ou menos)
Grive : você precisa instalar novamente.
Pycharm : também precisa ser instalado novamente.
E é claro que xscreensaver é atualizado em 16.04 LTS.
O outro motivo da atualização talvez seja que algumas dependências sejam atualizadas com a nova versão. Responda o que acontece.