Aqui está uma breve resposta.
Os kernels principais são apenas kernels de baunilha de kernel.org compactados como deb.
Os kernels do Ubuntu são mantidos especialmente pela Equipe de Kernel da Canonical.
A equipe backports correções de bugs e suporte de algum novo hardware a partir dos kernels mainline mais recentes, e também faz outras melhorias.
A Canonical e a comunidade suportam apenas os kernels do Ubuntu. Você pode instalar os principais por sua conta e risco.