O launcher no gnome, assim como o launcher no Unity, tem gsettings schema onde os apps são listados. Nessa resposta, mostrarei um exemplo da exclusão do firefox do launcher do gnome.
Descobrimos qual é a configuração do org.gnome.shell schema e sua chave favorite-apps
xieerqi:$ gsettings get org.gnome.shell favorite-apps
['empathy.desktop', 'rhythmbox.desktop', 'firefox.desktop', 'shotwell.desktop', 'libreoffice-writer.desktop', 'nautilus.desktop', 'yelp.desktop']
Em seguida, copiamos a saída e colamos no comando gsettings set org.gnome.shell favorite-app
xieerqi:$ gsettings set org.gnome.shell favorite-apps "['ubiquity-gtkui.desktop', 'evolution.desktop', 'empathy.desktop', 'rhythmbox.desktop', 'shotwell.desktop', 'libreoffice-writer.desktop', 'nautilus.desktop', 'yelp.desktop']"
Como você pode ver, no código acima, eu removi 'firefox.desktop', part. Observe também as aspas duplas no final e o beginnign do valor
Abaixo estão os resultados antes e depois de executar o comando:
