Você deve escrever o caminho completo do python3 para executar no Geany, conforme explicado abaixo:
Primeiro, no terminal:
which python3
E você terá algo como:
/home/myUser/anaconda3/bin/python3
Copie-o, abra um script python em Geany, Construir > Definir comandos de construção > Executar comandos > Executar > e substitua python
por /home/myUser/anaconda3/bin/python3
(Claro que se você estiver usando outra versão do Python, o procedimento é o mesmo)