Sim, qualquer processo executado com os privilégios de um usuário é permitido fazer qualquer coisa que o usuário possa fazer por conta própria.
Como você afirma corretamente, isso é um problema menor, se esse usuário não tiver privilégios de superusuário, o que permitiria que ele e qualquer um de seus processos modificassem a configuração do sistema. Instalar pacotes de todo o sistema por meio de um front-end como o Centro de Software ainda requer privilégios de superusuário.
Por esse motivo, deve-se escolher cuidadosamente quais programas serão executados com privilégios elevados.