A inicialização confiável é explicada para as janelas porque é totalmente implementada pela microsoft.
Se você gostaria de ler sobre boot confiável no Ubuntu aqui, há a página wiki oficial do ubuntu que explica muito bem as etapas:
https://wiki.ubuntu.com/SecurityTeam/SecureBoot
Sobre suas perguntas vantagens / desvantagens, é um dilema na minha opinião pessoal ...
Inicialização confiável significa habilitar a segurança em nível de hardware / firmware e não em nível de software, que é uma medida preventiva de segurança para evitar o carregamento do malaware antes do (s) sistema (s) operacional (is).
Disse que, no outro extremo, ao habilitar a inicialização de segurança, você está basicamente colocando seu sistema na mão da microsoft. Hoje a microsoft suporta boot confiável para várias distribuições linux e não inclui distros linux personalizadas, mas a Linux Foundation implementou um loader genérico assinado pela microsoft que permitirá que qualquer linux carregue:
http://www.linuxfoundation.org/news-media/blogs/browse/2012/10/linux-foundation-uefi-secure-boot-system-open-source
O problema é que este é sempre assinado pela microsoft, em palavras simples, existem desvantagens:
1. microsoft is not a community such as linux, it is a capital gain company and if it loses its interest towards linux it can cut it out at any time.
2. you are losing your freedom
A história dirá por si mesma que nunca haverá um bom relacionamento entre empresas como a microsoft e comunidades como o Free Open Source Software.
Espero que isso ajude você a entender.
Obrigado