De longe, a maneira mais fácil de lidar com nomes de arquivos como este no terminal é fazer uso do recurso de conclusão da guia do shell: digite o suficiente do nome para ser não ambíguo, por exemplo.
rmdir /mnt/media/Music/Twin\ Shad
e, em seguida, pressione TAB
A segunda maneira mais fácil - pelo menos se o nome não contiver citações - é citar a coisa toda, por exemplo.
rmdir '/mnt/media/Twin Shadow - Eclipse (2015) [FLAC]?'
(aspas duplas também devem funcionar neste contexto).
Se você realmente precisar usar escapes de barra invertida, os dois parênteses e colchetes são metacaracteres de shell e também devem ser escapados, por exemplo
rmdir /mnt/media/Music/Twin\ Shadow\ -\ Eclipse\ \(2015\)\ \[FLAC\]\?/
(o -
não precisa ser ignorado - embora não seja ruim fazê-lo).