Eu preferiria escolher o particionamento manual, depois escolher o disco rígido do Ubuntu.
O bootloader será instalado no disco onde você decide instalar o Ubuntu, que deve ser o primeiro dispositivo de inicialização no BIOS (ou uefi). O Grub permitirá que você escolha entre o Linux e o Windows.
Como David apontou, por favor dê uma olhada em Como usar o particionamento manual durante a instalação? para mais detalhes sobre o particionamento manual.