Tente rodar o "sudo powertop" e vá até a opção "Tunables", onde deverá mostrar uma lista de tudo que o powertop é capaz de ajustar. Em algum lugar dessa lista, você mostrará algo como "Autosuspend for USB device ...",
Um dos dispositivos USB listados deve ser aquele com o qual você está tendo problemas; tente deixar as configurações como "Ruim", pois esse é o estado não modificado.
Confira o guia de usuários da powertop para obter informações e dicas adicionais: link