A questão de saber se esses scripts foram excluídos propositadamente ou não é muito vaga, e pode não ter uma resposta firme de fato. Não há menção a isso em nenhum lugar e acredito que os pacotes VBox são mantidos pela comunidade de qualquer maneira.
Não consegui encontrar uma resposta verdadeira, mas sei que existe uma bug no Debian neste que está intocado desde maio de 2014 sobre esta questão. É aí que você iria rastrear / cutucar.