Você pode instalar o Ubuntu no disco rígido vazio sem qualquer preparação inicial.
Assegure-se de que sabe o nome do disco rígido vazio para saber em qual instalar o Ubuntu ao passar pelo processo de instalação.
No entanto, a coisa mais simples seria remover o disco rígido com falha do PC antes de instalar o Ubuntu. Se você fizer isso, não haverá preparação para fazer no disco vazio - basta colocar o disco do Ubuntu na unidade de DVD e ele fará a formatação e o particionamento para você.