Eu tive o mesmo problema. Tendo instalado o Ubuntu Mate 16.04
gksu system-config-samba
terminou com a mensagem:
SystemError: could not open configuration file '/etc/libuser.conf': Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
Engraçado ;-) solução: basta criar o arquivo:
sudo touch /etc/libuser.conf
reiniciou o servidor:
sudo service smbd restart
funcionou! Eu posso iniciar a ferramenta de configuração a partir do menu GUI do mate do Ubuntu agora.