O VLC suporta vídeo como plano de fundo. Basta executar o comando cvlc:
cvlc --video-wallpaper --no-audio /your/videofile
Existem outras opções úteis para cvlc, como proporção etc. Você pode encontrá-las usando
vlc --help
Se você ainda quiser ícones na sua área de trabalho, pode precisar dar uma olhada em xwinwrap , mas é necessário um pouco de pesquisa. Existe uma opção para definir filmes como plano de fundo. Eu não sei como fazer isso com o VLC, mas foi feito com o mplayer.