/usr/bin/python , /usr/bin/python2 e /usr/bin/python3 são apenas links simbólicos para um executável Python para acesso conveniente a um interpretador Python 2/3 ou apenas a um interpretador python. Em 14.04 eles apontam para:
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/usr/bin/python→/usr/bin/python2.7 -
/usr/bin/python2→/usr/bin/python2.7 -
/usr/bin/python3→/usr/bin/python3.4
Em combinação com o virtualenv, você deve usar o executável diretamente: /usr/bin/python2.7 ou /usr/bin/python3.4 , mas os links simbólicos também devem funcionar.